Considera-se que há um melhoramento genético quando o produto nascido é superior à média dos pais, pressupondo que ambos os pais são de boa qualidade. Entretanto, os casos mais comuns de melhoramento genético na raça pampa, devido à pouca oferta de exemplares superiores, são aqueles em que éguas de baixo valor zootécnico, quando servidas por bons reprodutores, geram produtos de qualidade morfológica e/ou funcional superior a delas.

Uma ferramenta importante em prol do melhoramento genético do cavalo Pampa brasileiro de sela é a heterose ou "vigor do híbrido". Este é um fenômeno que ocorre a partir do cruzamento entre raças distintas. Como são várias as raças utilizadas na formação da raça Pampa, todo selecionador que se preze deveria tirar proveito deste fenômeno, que se traduz pela união de genes desejáveis, de maneira a combinar as qualidades presentes em cada um dos genitores. A heterose poderá ser ainda mais benéfica se os animais descendem de linhagens apuradas. Um exemplo clássico seria a união de um garanhão Campolina de origem no tradicional criatório sufixo "Lagoa Negra", com éguas da raça Mangalarga Marchador de origem em alguma das linhagens pilares ou criatórios antigos.

Ao contrário da heterose, a prática da consanguinidade pode levar à deterioração do plantel, desde que mal utilizada. O fato é que a consanguinidade é mesmo uma "faca de dois gumes", tanto pode realçar os atributos como os defeitos. É uma ferramenta do melhoramento genético a ser utilizada em um estágio mais avançada da seleção, sempre entre exemplares superiores, também descendentes de outros exemplares superiores, pelo menos até a terceira geração. Somente assim, os genes indesejáveis estarão mais fortemente encobertos. Para evitar a consanguinidade na jovem raça Pampa, será necessário que o Livro de Registro Genealógico ainda permaneça em aberto por um bom tempo, no mínimo dois anos, até porque ainda existe um grande numero de machos e fêmeas de elevado padrão de qualidade, espalhados por este Brasil continental, nas mãos de pessoas que certamente ainda desconhecem a própria existência da ABC PAMPA. Um outro alerta com relação aos riscos da consanguinidade é que são poucos os sementais utilizados para a formação da raça Pampa, mesmo contando o total de descendentes de todas origens étnicas. Por exemplo, na Mangalarga Marchador, basicamente todos os exemplares de pelagens pampas descendem do Sincero JB, Passa Tempo e, mais recentemente, do Balote A . C. Na raça Campolina, praticamente todos os exemplares portadores da pelagem pampa descendem da linhagem "Lagoa Negra". Já na raça Mangalarga, há uma contribuição maior, mas a maioria dos animais não são de pelagem pampa padrão, mas sim das variedades chita e rosada.

Por linhagem entende-se uma grande família portadora de traços em comum, sejam na morfologia ou na funcionalidade. Com frequência, dentro de uma mesma linhagem, existem sub-famílias. Alguns exemplos podem ser lembrados. Na linhagem "Tabatinga", raça Mangalarga Marchador, a família do "Cossaco" e a família do "Predileto", cada uma com características próprias. Na linhagem "Passa Tempo", raça Campolina, a família do "Expoente" e a família do "Xerife". Estas sub-famílias são constituídas na ânsia do selecionador evitar, prolongar a necessidade ou amenizar a consanguinidade.

A seleção da raça Pampa foi muito facilitada pela abertura das várias classes de julgamento, com base nas modalidades de andamentos. Dessa forma, o descarte por andamento tornou-se menos importante. Todavia, caso o criador seja um selecionador na essência do significado zootécnico da palavra, seu objetivo será formar uma linhagem própria, a ser conhecida por determinada (s) característica (s), morfológica ou funcional. Neste ultimo caso, passaria a ser fundamental a escolha de uma modalidade de andamento a ser almejada. Em várias raças, existem linhagens que se notabilizaram pela qualidade da marcha ou de outro atributo funcional.

Quanto à morfologia, um criador tem várias alternativas para fixar sua linhagem. Pode optar por uma tropa padronizada no conjunto de frente bem lapidado (ex. como a tradicional linhagem sufixo "Passa Tempo"); uma tropa de grande porte, estrutura e aprumos (ex.: como a linhagem que assina o sufixo "Abaíba", também na raça Mangalarga marchador); um plantel forte em andamento, para em uma outra etapa melhorar a morfologia; um plantel padronizado na pelagem pampa de preta, dentre outras alternativas. Contudo, todo criador da raça Pampa não pode ignorar uma realidade, a de que o futuro cavalo pampa brasileiro de sela, de qualidade superior, será um autêntico tri-cross, resultante de três raças principais - Mangalarga Marchador, Mangalarga Paulista e Campolina. Cabe a cada selecionador, demonstrar a sabedoria em buscar o que há de melhor em cada pampa (chita ou rosada) terá uma variação de 0 a 50%.. Mas do acasalamento entre dois exemplares recessivos, a prole terá a mesma variedade de pelagem pampa na proporção máxima de 100%.