O conhecimento genético da distribuição das malhas brancas, em conjugação com uma gama de pelagens sólidas, não é importante apenas como forma de conhecimento para enriquecer as conversações. Também auxilia no aumento do numero de produtos de pelagem pampa em cada estação de nascimentos. O criador precisa ter a capacidade de manipular a distribuição das malhas em um programa de seleção e melhoramento genético.

De acordo com os pesquisadores da "Equine Research Publications", cada tipo de malha (formato e extensão) tem um controle genético próprio, através da ação aditiva de genes modificadores. Isto significa que a forma e extensão da área branca aumentam de acordo com um maior numero de genes modificadores. Entretanto, é possível que um cavalo de pelagem sólida, sem carregar os alelos para a pelagem pampa, seja portador de genes modificadores. Também é possível que tenha os alelos da pelagem pampa, mas não os genes modificadores, e ser de pelagem sólida. Uma característica comum nas bordas das malhas é a presença de tonalidades de pelagem rosilha, com os cabelos brancos da malha misturando-se aos pêlos da área de pelagem sólida.

A variedade mais importante é a pampa padrão, com maior ou menor predomínio das áreas brancas em relação às áreas de pelagem sólida. Assim, os animais variam do quase totalmente de pelagem sólida a quase totalmente brancos. Curioso é que os do primeiro grupo podem produzir uma prole totalmente malhada, da mesma forma que os do segundo grupo podem produzir uma prole tendendo a poucas malhas. Os menos malhados tendem a apresentar baixo calçamentos e pouca área branca na cabeça. Como já foi definido anteriormente, as malhas distribuem-se entre o pescoço e a garupa e geralmente ultrapassam de um lado a outro. Os membros quase sempre têm calçamentos e as cabeças são de pelagem sólida, mas incidindo com frequência todos os tipos de sinais. Mas as particularidades de sinais na cabeça e nos membros não determinam a pelagem Pampa, ao contrário do branco na crineira ou na cauda.

A pelagem pampa é comandada por um gene simples dominante, podendo resultar de um acasalamento entre um indivíduo pampa e outro não pampa, mas jamais como resultado do acasalamento entre dois indivíduos não pampas. Potros e potras portadores da pelagem pampa, quando descendentes de apenas um genitor de pelagem pampa serão sempre heterozigotos, pois receberam genes da pelagem sólida do outro genitor. Entretanto, quando o animal descende de dois pais de pelagem pampa, há uma probabilidade em torno de 25% de que seja homozigoto dominante para a pelagem pampa. De fato, do acasalamento entre dois indivíduos pampas heterozigotos, que é a situação mais comum de cada 4 (quatro) produtos gerados um tenderá a ser homozigoto, dois heterozigotos e um de pelagem sólida.

Portanto, um garanhão de pelagem pampa padrão pode ser homozigoto dominante ou heterozigoto. No primeiro caso a prole será 100% pampa. Já nos casos mais comuns, da utilização de um reprodutor pampa heterozigoto, a herdabilidade da pelagem pampa será em torno de 50%, quando acasalar égua de pelagem sólida e de 75%, quando acasalar égua também pampa heterozigota. Os homozigotos são úteis, e muito valorizados, porque são uma garantia para a produção de uma prole 100% pampa, mesmo quando acasalados com exemplares de pelagem sólida.

Não existe nenhum teste genético específico para determinação da homozigose para a pelagem pampa. Mas existem informações decisivas:

- Pedigree: quando ambos os genitores forem portadores da pelagem pampa;

- Teste de progênie: quando o animal não gerar nenhum produto de pelagem sólida, principalmente a partir de acasalamentos com indivíduos de pelagem sólida. Um numero mínimo de cinco produtos pampas será significativo como fator determinante da homozigose;

- Análise dos registros oficiais de produtos nas associações de criadores;

- Análise de marcadores genéticos que combinam com os cromossomos definidores da pelagem pampa, através de testes de tipagem sanguínea e de DNA. Determinantes das variedades chita ou rosada, a probabilidade de gerar um produto pampa será na ordem de 25%.

À exemplo do ocorre com a variedade Tovero - combinação do Tobiano X Overo - em raças americanas portadoras da pelagem pampa, também incidem no cavalo pampa brasileiro de sela casos de animais que combinam o pampa padrão com o chita. Este outro tipo de variedade da pelagem pampa apresenta mecanismo genético dominante. Mas a variedade Overo é recessiva, representada pela letra o, sendo que a maiúscula identifica a pelagem sólida normal. A variedade Overo é provocada por um alelo localizado no locus W, determinante da pelagem branca nos equinos, sendo Ww = branco dominante, ww = pelagem sólida e WW = letal. Assim, do acasalamento entre dois equinos de pelagem branca haverá uma incidência de natimortos na ordem de 25%. Da mesma forma, uma anomalia conhecida como "Lethal White Foal" pode ocorrer como resultado do acasalamento de dois exemplares Overos, mais especificamente em uma sub-variedade da pelagem Overo, conhecida como "Frame Overo". É uma condição em que o potro (a) nasce totalmente branco, podendo nascer morto ou morrer dentro de poucas horas, como resultado de defeitos cerebrais ou atresia do cólo intestinal.