O conhecimento genético da distribuição das malhas brancas, em conjugação com uma gama de pelagens sólidas, não é importante apenas como forma de conhecimento para enriquecer as conversações. Também auxilia no aumento do numero de produtos de pelagem pampa em cada estação de nascimentos. O criador precisa ter a capacidade de manipular a distribuição das malhas em um programa reprodutivo.

De acordo com os pesquisadores da "Equine Research Publications", cada tipo de malha (formato e extensão) tem um controle genético próprio, através da ação aditiva de genes modificadores. Isto significa que a forma e extensão da área branca aumentam de acordo com um maior numero de genes modificadores. Entretanto, é possível que um cavalo de pelagem sólida, sem carregar os alelos para a pelagem pampa, seja portador de genes modificadores. Também é possível que tenha os alelos da pelagem pampa, mas não os genes modificadores, e ser de pelagem sólida. Uma característica comum nas bordas das malhas é a presença de tonalidades de pelagem rosilha, com os cabelos brancos da malha misturando-se aos pêlos da área de pelagem sólida.

A variedade mais importante é a pampa padrão, com maior ou menor predomínio das áreas brancas em relação às áreas de pelagem sólida. Assim, os animais variam do quase totalmente de pelagem sólida a quase totalmente brancos. Curioso é que os do primeiro grupo podem produzir uma prole totalmente malhada, da mesma forma que os do segundo grupo podem produzir uma prole tendendo a poucas malhas. Os menos malhados tendem a apresentar baixo calçamentos e pouca área branca na cabeça. Como já foi definido anteriormente, as malhas distribuem-se entre o pescoço e a garupa e geralmente ultrapassam de um lado a outro. Os membros quase sempre têm calçamentos e as cabeças são de pelagem sólida, mas incidindo com frequência todos os tipos de sinais. Mas as particularidades de sinais na cabeça e nos membros não determinam a pelagem Pampa, ao contrário do branco na crineira ou na cauda.

A pelagem pampa é comandada por um gene simples dominante, podendo resultar de um acasalamento entre um indivíduo pampa e outro não pampa, mas jamais como resultado do acasalamento entre dois indivíduos não pampas. Potros e potras portadores da pelagem pampa, quando descendentes de apenas um genitor de pelagem pampa serão sempre heterozigotos, pois receberam genes da pelagem sólida do outro genitor. Entretanto, quando o animal descende de dois pais de pelagem pampa, há uma probabilidade em torno de 25% de que seja homozigoto dominante para a pelagem pampa. De fato, do acasalamento entre dois indivíduos pampas heterozigotos, de cada três produtos gerados um tenderá a ser homozigoto e dois heterozigotos.

Portanto, um garanhão de pelagem pampa padrão pode ser homozigoto dominante ou heterozigoto. No primeiro caso a prole será 100% pampa. Já nos casos mais comuns, da utilização de um reprodutor pampa heterozigoto, a herdabilidade da pelagem pampa será em torno de 50%, quando acasalar égua de pelagem sólida e de 75%, quando acasalar égua também pampa heterozigota. Os homozigotos são úteis, porque são uma garantia para a produção de uma prole 100% pampa, mesmo quando acasalados com exemplares de pelagem sólida.

Não existe nenhum teste genético específico para determinação da homozigose para a pelagem pampa. Mas existem informações decisivas:

- Pedigree: quando ambos os genitores forem portadores da pelagem pampa;

- Teste de progênie: quando o animal não gerar nenhum produto de pelagem sólida, principalmente a partir de acasalamentos com indivíduos de pelagem sólida. Um numero mínimo de cinco produtos pampas será significativo como fator determinante da homozigose;

- Análise dos registros oficiais de produtos nas associações de criadores;

- Análise de marcadores genéticos que combinam com os cromossomos definidores da pelagem pampa, através de testes de tipagem sanguínea e de DNA.

Uma regra importante a ser lembrada é que para ser pampa (variedade padrão) o animal precisa ter pelo menos um dos pais de pelagem pampa.

O locus (endereço, local) do gene determinante da pelagem pampa padrão (tobiano) é representado pela letra T e faz parte de um grupo que inclui outros locus genéticos, de pampa e não pampa, de extensão das malhas, conjugação com pelagens sólidas, pigmentação, proteinas inclusas na tipificação sanguinea (principalmente albumina e seratase). Um exemplar homozigoto será TT, carregando o gene em dose dupla. O exemplar heterozigoto será Tt.

Um exemplo clássico de distribuição uniforme das pelagens em acasalamento é o de um garanhão pampa de castanho (heterozigoto) X éguas alazãs, resultando em uma prole assim distribuída: 25% alazã, 25% castanha ou preta, 25% pampa de alazã, 25% pampa de castanha ou de preta.

Mas neste exemplo anterior, caso as pelagens pampa e alazã fossem as duas variáveis linkadas nos pais, o resultado seria 50% castanha ou preta e 50% pampa de alazã. Os genes linkados resultam em apenas algumas combinações. Vamos analisar uma outra alternativa para o exemplo dado. Se as pelagens pampa e as castanha e preta estivessem linkadas nos pais, o resultado seria 50% pampa de castanha ou preta e 50% alazã.

A esterase e albumina são variáveis linkadas à pelagem pampa, servindo como base para determinar se o animal é heterozigoto ou homozigoto, através dos exames de tipificação sanguínea. Analisando-se também amostras do sangue de alguns parentes.

A pelagem pampa denominada de rosada, equivalente á variedade alazã ( ou outra pelagem sólida ) salpicada de branco ( pequenas pintas brancas localizadas em qualquer parte do corpo ) não é mais aceita para efeito de Registro Genealógico.

Variedades de pelagem pampa apresentando malhas brancas localizadas somente na região ventral não caracterizam a variedade pampa padrão. Calçamentos e sinais brancos na cabeça também não são indicativos da pelagem pampa.

As variedades de pelagem pampa, chita ou rosada, apresentam uma herança genética recessiva. Isto significa que do acasalamento com animais de pelagem sólida, a probabilidade de gerar um produto pampa (chita ou rosada) será da ordem de 25%. Outras alternativas de resultados de acasalamentos são:

- Do acasalamento entre dois exemplares recessivos a herdabilidade é 100%.;

- Do acasalamento entre dois exemplares de pelagem sólida, porém portadores dos genes determinantes das variedades chita ou rosada, a probabilidade de gerar um produto pampa será na ordem de 25%.

À exemplo do ocorre com a variedade Tovero - combinação do Tobiano X Overo - em raças americanas portadoras da pelagem pampa, também incidem no cavalo pampa brasileiro de sela casos de animais que combinam o pampa padrão com o chita. Este outro tipo de variedade da pelagem pampa apresenta mecanismo genético dominante. Mas a variedade Overo é recessiva, representada pela letra o, sendo que a maiúscula identifica a pelagem sólida normal. A variedade Overo é provocada por um alelo localizado no locus W, determinante da pelagem branca nos equinos, sendo Ww = branco dominante, ww = pelagem sólida e WW = letal. Assim, do acasalamento entre dois equinos de pelagem branca haverá uma incidência de natimortos na ordem de 25%. Da mesma forma, uma anomalia conhecida como "Lethal White Foal" pode ocorrer como resultado do acasalamento de dois exemplares Overos, mais especificamente em uma sub-variedade da pelagem Overo, conhecida como "Frame Overo". É uma condição em que o potro (a) nasce totalmente branco, podendo nascer morto ou morrer dentro de poucas horas, como resultado de defeitos cerebrais ou atresia do cólo intestinal.